La Iglesia era y es el elemento más importante del complejo monacal que aquí hubo. Es una iglesia de grandes dimensiones, que consta de 3 naves, una principal y dos laterales, ambas cubiertas por bóvedas de crucería la central y ojivales las laterales. La cabecera de la iglesia se dispone de 5 ábsides semicirculares, uno principal y dos a ambos laterales. En el interior del ábside principal hay un retablo de gran valor artístico, destacando su variada policromía.

Por la disposición tan característica de estos ábsides, poco frecuente en los monasterios Cistercienses europeos, le hace exclusiva; tan solo se ha localizado una en Francia de características similares en su cabecera. Por sus dimensiones es considerada la 3ª iglesia más grande de la provincia, tras la catedral y la iglesia de Villacastín.